Cuando llegaron los Españoles encontraron comunidades indígenas de omaguacas, quienes habitaban la región del norte de Jujuy, la puna, la quebrada de humahuaca, valles y laderas de las sierras. Estos eran los más adelantados de la provincia; oclayas, en el valle de Jujuy, en Xibi Xibi, Titaxi, Tilquiza, Jaire, Chijra y también en Zapla, hasta las faldas de los cerrillos de Perico.
El triunfo de Suipacha del 7 de noviembre de 1810, configura la primera victoria argentina en la guerra de la independencia, gracias a los gauchos del Norte comandados por Martín Miguel de Güemes y el apoyo del capitán Balbastro.
Belgrano arribó a Jujuy el 19 de mayo de 1812, y ante el avance de los realistas, dispuso que el coronel Diaz Velez tomara el mando de la vanguardia en Humahuaca.
A última hora del 22 de agosto se imparte la orden de abandonar el pueblo y a la mañana siguiente todos los lugareños abandonaron la ciudad. Luego, el 24 de agosto entraba la vanguardia realista en Jujuy. El general Belgrano estuvo al mando de la ordenada retirada, un importante hecho conocido como el «Éxodo Jujeño».
La provincia norteña, en total soporta once invasiones del ejército realista, que luego el 20 de febrero de 1813 a producirse la batalla de Salta, una hábil maniobra de Belgrano deja en inferioridad de condiciones al enemigo, siendo así derrotados por el ejército nacional, logrando que los españoles se retiraron de Jujuy, siguiendo hacia el Alto Perú.
El 25 de febrero, se designa al coronel José Bolaños como gobernador de Jujuy.
La síntesis de la historia del pueblo jujeño, con Belgrano al mando, protagoniza uno de los actos más valientes y con gran relevancia para la historia argentina, el que consiste en que los lugareños de la provincia se retirasen, pero antes quemen casas, ganado y cualquier otra cosa de que el ejército español servirse. Con su estrategia se dan las victorias en Tucumán y Salta.